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본 연구는 short oligonucleotide primer를 이용하여 마품종간 유전 분석을 실시하고자 PCR증폭 기법을 확립하고, 확립된 기술을 이용하여 제주도에 사육중인 천념기념물 347호로 등록된 제주말과 경주마로 잘 알려진 더러브렛간의 유전적인 다양성을 분석한 결과마품종간 차이를 보이는 DNA marker는 9개의 primer에서 확인 되었으며, 이중 6개의 primer에서 더러브렛 특이 밴드와 나머지 3개에서 제주마 특이 RAPD 밴드가 확인되어 cloning과 sequencing후에 SCAR primer을 제작하여 마품종 식별에 활용할 수 있을 것으로 사료되며, 본 연구결과 RAPD표지인자는 마품종간의 유전 분석에 매우 유용한 것으로 판단되었다.
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