우리나라의 부가가치세제는 조세정책적 측면에서 조세의 중립성을 보장할 수 있도록 하며, 충분한 세수확보를 가능하게 하고, 또한 전산을 활용한 과세자료의 체계적인 수집으로 과학세정을 실현할 수 있는 세무행정의 인프라를 구축할 수 있도록 설계되었다. 이러한 긍정적인 측면의 선순환적인 여러 작용이 확실한데도, 이 제도는 도입 당시부터 적지 않은 문제점을 지닌 제도임을 부인하기 어려운 측면이 있었다. 이러한 문제점 중에서 중요한 것들을 간추려 보면 다음과 같이 세 가지로 요약할 수 있다.
첫째, 세금계산서의 발급시기이다.「부가가치세법」은 재화가 인도되거나 용역의 제공이 완료되는 때를 공급시기로 보고, 세금계산서를 공급시기와 일치되게 발급하도록 강제하고 있다. 그러므로 공급자가 재화를 외상으로 공급하는 경우 해당 공급자는 대금도 받지 못하고 납세의무가 발생하는 반면에, 그 공급받은 자는 대금을 지급하지 않았는데도 이른바 매입세액을 공제받으며, 나아가서 해당 매입세액 상당액을 환급까지 받을 수 있는 문제가 있다.
둘째, 전단계세액공제법을 채택함에 따라 필연적으로 발생할 수밖에 없는 것이 중복과세효과 및 환수효과이다. 이로 인하여 중고품을 수집하여 판매하는 업종과 면세 농?축?수산물을 원재료로 하여 제조?가공하는 제조업과 음식점업 및 고금을 원재료로 하는 귀금속산업이나 폐자원을 수집하는 고물상업 그리고 중고자동차 판매업 등은 자기가 생산한 부가가치에 세율(10%)을 곱한 것보다 훨씬 많은 액수의 세금을 부담하게 되어 있는데도, 일부 업종에서는 중복과세효과 및 환수효과를 완전히 제거하지 못하는 의제매입세액공제제도만을 시행한다는 문제가 있다.
셋째, 조기환급제도와 의제매입세액공제제도다. 이들 제도와 관계있는 세액공제는 두 가지의 성격으로 구분할 수 있다. 그 하나는 이미 납부한 세액을 공제하는 기납부세액의 공제다. 다른 하나는 납부할 세액을 줄여주는 감면세액공제다. 기납부세액의 공제는 이미 납부한 세액을 공제하는 것이기 때문에 기납부세액이 납부할 세액을 초과하면 당연히 환급이 발생하는 것이며, 이 경우 기납부세액이 없는 환급은 논리상으로 불가능하다. 그런데 현행 월별 조기환급제도는 공급자가 부가가치세를 신고하거나 납부한 사실이 없는데도 환급이 시행되는 제도로서 기납부세액이 없는 가운데 환급이 시행되는 것이다. 의제매입세액공제제도 또한 수출과 더불어 영세율을 적용받는 경우 기납부세액이 없이 공제세액만큼 환급이 시행되는 제도이다. 이들 두 제도는 국고손실을 초래하는 문제가 있다.
위 문제점들에 관한 개선방안으로 세금계산서를 통하여 과세자료의 기능과 더불어 영수증 기능을 발휘할 수 있도록 세금계산서의 발급시기를 공급대가를 받은 때로 조정한다면, 매입세액의 공제요건을 명확하게 할 수 있다. 또한 세금계산서를 영수증으로 발급하고서도 그 부가가치세를 내지 않는 경우 그 ‘공급가액과 부가가치세액’이 기재된 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 취급하도록 규정함으로써 매입세액공제를 배제하게 된다면, 부가가치세의 체납 발생을 억제할 수 있으므로 불필요한 국고손실을 방지하는 효과를 가져오게 될 것이다. 그리고 세금계산서의 양식을 변경하여 총매출가액에서 면세매출원가를 공제한 과세공급가액과 부가가치세로 구분하고 면세매출원가를 병기(倂記)할 수 있는 이른바 겸용세금계산서를 만들어 활용하는 방안을 강구할 필요가 있다. 이 방안은 중복과세효과 및 환수효과의 발생을 차단할 수 있다.
이상과 같은 세금계산서와 관계되는 제도개선은 전산제도의 발달이 세무행정을 잘 뒷받침하여 주고 있는 현재로서 별로 어렵지 않는 일이라고 생각된다. 다시 말하면 ‘IT 강국’이라고 자부하는 우리로서 긍정적이고 적극적인 추진을 주저할 필요가 없다고 판단된다.

The value-added tax system in our country was designed to ensure the neutrality of taxation in economic policy aspect, to enable sufficient tax revenue in tax policy aspects, and also to establish a pan-social tax administration infrastructure that can realize scientific taxation through systematic collection of taxable data using the entire tax base. Even though these positive aspects, it is hard to deny that the value-added tax system is a very problematic one since it was introduced. To summarize the important issues of these problems, three things can be summarized as follows.
First, it is time to issue a tax invoice. The Value Added Tax Act requires to issue tax invoices consistent with the timing of supply, when goods are delivered or services are completed. Thus, if the supplier supplies the goods on credit, the supplier will not receive payment and will have a tax obligation to pay taxes, whereas the person receiving the goods will be deducted from the so-called purchase tax amount even if the payment has not been made, and will be able to receive a refund of the amount of the purchase tax.
Second, overlapping tax and recovery effect inevitably arise from the adoption of invoice method. Because of these, industries that collects and sells used goods, manufacturing of agricultural, livestock and fishery products as raw materials and a restaurant business, the precious metal industry or the junk shop that collect waste resources, used car sales business and so on have the problem for implement deemed purchase tax credit which can’t eliminate the effect of double taxation and so on.
Third, the early refund system and deemed purchase tax credit. The tax credits associated with these can be distinguished into two types. The first is deduction of tax amount. Another is tax credit. Deduction of tax amount occurs if the amount of tax payable exceeds the amount of tax payable, a refund will occur as a matter of course. In this case, it is logically impossible to make a refund without the unpaid tax amount. However, the monthly early refund system is a system in which refunds are made even though the supplier has not reported or paid value added tax, and the refund is enforced while there is no unpaid tax. Deemed purchase tax credit is the one of the system that the tax deduction amount will be refunded without the amount of the tax payable when a zero tax rate is applied in export. These two systems have a problem causing the loss of the state coffers.
Improvement plan for these problems is if the timing of issuance of the tax invoice is adjusted to the time when the supply consideration is received through tax invoice, it could clarify the deduction requirements for the purchase tax. In addition, when a tax invoice is issued as a receipt and the value added tax is not paid, if the purchase tax credit is excluded by stipulating that the tax invoice containing the "supply value and value added tax amount" are treated as a tax invoice different from the facts, the failure of value-added taxes will be curbed, which will have the effect of preventing unnecessary state losses. And changing the form of the tax invoice. It makes a division taxable supply value deducted tax-exempt sales cost from total sales price and Value-Added Tax, and to make a combined tax calculation sheet which can write side-by-side. It can block occurring double taxation and redemption effect.