종래 우리나라의 세제는 법인격이 있는 기업형태에 관하여는 법인세제를 적용하고 법인격이 없는 기업형태에 관하여는 소득세법상의 공동사업장 세제 등 導管課稅를 하여 왔다. 그러나 2008년부터 동업기업 세제가 새로이 도입되고 이를 合名會社나 合資會社에까지 적용하는 것으로 함에 따라, 각 기업형태별로 법인세제와 동업기업 세제 중 어느 것을 적용하는 것이 타당한지에 관하여 따져 보아야 할 필요가 생기게 되었다. ‘효율’의 견지에서 볼 때 기업형태 선택에 있어서의 조세중립성을 추구하는 것이 원론적으로는 타당하다. 그러나 현행 세제하에서의 몇 가지 제약 조건으로 인하여 모든 기업형태에 있어서 완전한 조세중립성을 달성하는 것은 어차피 불가능하므로 현행 세제하에서는 ‘차선’으로서 각 개별 기업형태에 가장 적합하다고 판단되는 세제를 적용할 수밖에 없을 것이다. 그리고 이 과정에서는 법인세를 과세하는 근본취지, 과세행정의 편의, 특정 기업유형을 세제상 보다 장려하여야 할 필요성의 유무 등을 함께 고려하여야 할 것이다. 그리하여 주식회사에 대하여는 법인세제를, 조합이나 익명조합에는 동업기업 세제를 적용할 수밖에 없다. 이는 주로 법인세제를 과세하는 근본취지나 과세행정의 편의와 관련이 있다. 한편 현행 세제는 합명회사나 합자회사에 대하여 법인세제와 동업기업 세제 간의 선택권 및 재선택의 가능성을 부여함으로써, 이 두 기업유형을 세제상 가장 유리하게 취급한다. 합명회사나 합자회사의 활용을 이와 같이 장려하여야 할 정책적 당위성이 있는지에 관하여는 추가적인 검토를 요한다. 有限會社의 경우 조세중립성의 측면 또는 정책적 측면에서 보았을 때 합명회사 등과 마찬가지로 동업기업 세제의 적용이 가능하여야 한다고 볼 여지가 있다. 다만, 이 경우 유한회사가 “tax shelter”로 이용되고 있지는 않은지에 관하여 향후 면밀한 관찰이 필요하며, 有限責任會社의 도입 문제 및 세제상 취급 역시 이 두 가지 측면에서의 고찰, 그리고 유한회사와 별도로 이를 규정할 필요가 있는지에 관한 검토가 선행된 다음에서야 비로소 적절히 논의될 수 있을 것이다.
Before the recent introduction of the partnership taxation regime, the corporate income tax in Korea had been levied on all for-profit legal entities that are treated as "legal person" while entities without legal personage had been treated as conduit or pass-through. However, since the recently amended law allows such legal entities as the Hapmyong-Hoesa and the Hapja-Hoesa with legal personage to elect to be treated as partnership for income tax purposes, it now becomes a critical issue to decide what types of entity are eligible to the partnership taxation. As a principle. tax neutrality among different types of legal entities should be observed for efficiency's sake. Due to certain characteristics that exist under our current tax system, however, it is impossible to maintain tax neutrality for all types of legal entity. The only possible solution now is that we make our choice between levying corporate income tax and applying the new partnership taxation on an entity-by-entity basis, taking into consideration such factors as the basic rationale of levying corporate income tax, administrative convenience, policy reason, if any, for treating certain types of legal entity more favorably than others, and so forth. There seems to be no alternative but to impose corporate income tax on the Chusik-Hoesa, which is a typical corporation where all shareholders who can transfer their shares of stock without restriction enjoy limited liability. With regard to the Chohap, an equivalent to the U.S. general partnership, or the Ikmyeong-Chohap, originating from the German Stillegesellschaft, only partnership taxation or similar pass-through treatment under the current Income Tax Act is available. The rationale of corporate income tax and administrative convenience are the main factors to be considered here. The Hapmyeong-Hoesa and the Hapja-Hoesa are the most favored types of legal entity under the current tax system, where those two types of Hoesa not only reserve a right of election between corporate income taxation and partnership taxation, similar to that under the U.S. check-the-box regulations, but also the possibility to amend their initial choice. Whether there is any tax policy justification for this bias is an issue that should be subject to further close scrutiny. It can be argued that the Yuhan Hoesa. originating from the German Gesellschaft mit beschrankter Haftung (GmbH) should be able to elect for partnership taxation along with the Hapmyeong Hoesa and the Hapja Hoesa from the perspective of tax neutrality and tax policy. In this case, however, it will be indispensable to monitor whether the Yuhan Hoesa is not widely used as tax shelters. A remaining issue of whether to introduce into our Commercial Code another type of legal entity, i.e. the Yuhan-Chaekim-Hoesa, known as an equivalent to the U.S. limited liability company, is also to be examined in this same context. i.e. tax neutrality or policy, and tax avoidance, apart from the question of whether we, having already the Yuhan-Hoesa, need another entity that is sometimes not quite discernible from the former in many aspects.