우리나라 법인세법은 세 가지 유형의 모든 비영리법인(민법상 비영리법인, 특별법상 비영리법인, 그리고 국세기본법상 법인으로 보는 단체)을 대상으로 비영리사업소득(증여소득 제외)에 대한 법인세를 비과세하는 한편 수익사업소득은 5년 내 고유목적사업 등에 지출한다면 금융소득에 대해서는 전액, 기티의 소득에 대하여는 50%에 해당하는 법인세를 감면하는 체계를 갖추고 있다. 그러나 비영리사업소득에 대한 비과세의 근거는 공익장려에 있으며, 수익사업소득에 대하여는 영리법인과의 공정경쟁 관점에서 전부 과세되어야 하는바, 이러한 각 이론적 근거 측면을 고려한다면 현행 비영리법인의 법인세 과세체계는 다음과 같이 정비하는 것이 타당하다고 본다. 첫째, 세 가지 유형의 모든 비영리법인이 아니라 이른바 “비영리공익법인”에 한하여 비영리사업소득에 대한 법인세 비과세혜택을 부여한다. 둘째, 현실적으로 비영리공익법인의 범위는 상속세 및 증여세법상 공익법인 등을 모태로 삼아 설정한다. 셋째, 증여소득은 법언세법상 비영리사업소득으로 보아 상속세 및 증여세법상 증여세과세대상에서 제외한다. 넷째, 소극적 소득(금융소득과 양도소득)은 영리법인과의 불공정 경쟁을 야기하지 않으므로 과세대상 수익사업소득의 범위에서 제외한다. 다섯째, 적극적 수익사업소득의 50%에 해당하는 법인세를 감면하는 기능을 하는 고유목적사업준비금 제도는 영리법인과의 공정경쟁을 저해하므로 폐지한다. 여섯째, 고유목적사업 등에 대한 지출금액은 이른바 내적 기부금으로 취급하여 당해 비영리법인의 지위가 지정기부금대상 단체에 해당한다면, 적극적 수익사업소득의 5%, 법정기부금대상 단체에 해당한다면 적극적 수익사업소득의 50% 각 범위 내에서 손금으로 인정한다.
Under the Korean Corporate Income Tax Act("Act"), the three types of non-profit corporations, including non-profit corporations organized under the Civil Code, non-profit corporations organized under special laws, and entities deemed corporations under the National Basic Tax Act, are fully exempt from corporate income tax for related business income(excluding gift income). Under the Act, as to income from unrelated business, the non-profit corporations are also fully exempt from corporate income tax for financial income and partly(50%) exempt from such tax for the income other than financial income. However, the rationale for such tax exemption for related business income is promoting public benefits but unrelated business income should be taxed in order to prevent unfair competition with for-profit corporations. Considering such theoretical basis, it is appropriate to change the current corporate taxation system concerning non-profit corporations as follows. Firstly, the tax exemption for related business income should not be available to all the three types of non-profit corporations but should be confined only to so-called non-profit public interest corporations. Secondly, the practical scope of non-profit public interest corporations should be determined based on the public interest corporations under the Inheritance and Gift Tax Act. Thirdly, "gift income" should be excluded from taxable income under the Inheritance and Gift Tax Act and be instead treated as related business income under the Act. Fourthly, passive income. such as financial income and capital gains, should be excluded from the scope of unrelated business income, which is taxable, since it would not create unfair competition with for-profit corporations. Fifthly, the "reserve for related business purpose", a function of which has been a 50% reduction of corporate income tax for active unrelated business income, should be abolished since it hinders fair competition with for-profit corporations. Sixthly, payment made for related business activities should be treated as so-called "internal donations" and, if the non-profit corporation in question falls under designated donation recipient organizations, should be tax deductible as expenses up to 5% of the active unrelated business income and, if the non-profit corporation falls under donation recipient organizations specified by law, should be tax deductible as expenses up to 50% of the active unrelated business income.